Предметом деятельности государственного учреждения "Государственная администрация водного транспорта" является организация эксплуатации, развитие внутренних водных путей Республики Беларусь и транспортной инфраструктуры на них, обеспечение выполнения международных обязательств Республики Беларусь.
Целями деятельности государственного учреждения "Государственная администрация водного транспорта" являются обеспечение доступности, повышение качества и безопасности услуг водного транспорта, а также обеспечение выполнения международных обязательств Республики Беларусь.